In 2008, the government of the São Paulo State, Brazil, established marine protected areas (MPAs) along its entire coast. Pair trawling was banned from most of these areas ever since. This study investigated how these MPAs influenced on pair trawling fleet's operational patterns and landings from 2005 to 2012 as well as on the other fleets dynamics. Landings of pair trawlers per unit effort remained stable, however, they had to look for farther fishing grounds and capture deeper and less profitable species, changing their landing composition and reducing income. Gillnet fleet, particularly, has intensified fishing in MPAs and showed an increase in catches of some species that was once targeted by pair trawlers. In this case, MPAs management acted more towards a territorial management, protecting artisanal fisheries, than in the protection of fisheries resources.En 2008, el gobierno del Estado de São Paulo, Brasil, estableció áreas marinas protegidas (AMPs) en toda su costa. Desde entonces se prohibió la pesca de arrastre en pareja en la mayoría de estas áreas. Este estudio investigó como las AMPs influenciaron los patrones operativos y de desembarque entre 2005 y 2012, así como también otras dinámicas de la flota de arrastre en pareja. Los desembarques de buques de arrastre en pareja por unidad de esfuerzo se mantuvieron estables; sin embargo, tuvieron que buscar áreas de pesca más lejanas y capturar especies de mayor profundidad y menos rentables, lo que cambió la composición del desembarque y redujo los ingresos. En particular, la pesca con red de enmalle ha intensificado sus actividades en las AMPs, mostrando un aumento en la captura de ciertas especies que anteriormente fueron el objetivo de buques de arrastre en pareja. En este caso, la gestión de las AMPs se orientó hacia un manejo del territorio, protegiendo la pesca artesanal, más que hacia la protección de los recursos pesqueros.