Marine ecosystems are under anthropogenic pressures degrading both biodiversity and functional diversity. Functional diversity studies identify species functions through trait analysis, and are a robust alternative to the classical taxonomic approach. Although trophic traits are considered predominantly when analyzing functional diversity on marine ecosystem studies, there are other functional traits related to the species functions in the ecosystem. To critically understand the use of existing functional diversity indexes, we analyze them and their trait selection processes. The functional diversity approach improves our understanding of ecosystems and can help us slow and reduce the global-scale biodiversity loss by developing effective frameworks for monitoring and protection. We present some study questions and suggestions about how research should be oriented through functional analysis.Los ambientes marinos están sujetos a presiones antropogénicas que afectan su biodiversidad y diversidad funcional. Los estudios con enfoque funcional identifican el papel de las especies en el ecosistema mediante el análisis de sus atributos; esto representa una alternativa más robusta que los estudios clásicos de enfoque taxonómico. Tradicionalmente sólo los atributos tróficos han sido considerados en los análisis de diversidad funcional en ecosistemas marinos, cuando existe una infinidad de atributos no tróficos relacionados con la funcionalidad de las especies. Se analizaron algunos índices de estimación de la diversidad funcional, así como el proceso de selección de los atributos funcionales para entender críticamente su utilidad. El enfoque funcional podría ser fundamental para mejorar su comprensión y generar medidas efectivas de protección que permitan desacelerar y de ser posible, revertir el proceso de pérdida de la biodiversidad a escala global. Finalmente, se reformulan preguntas de investigación y propuestas de hacia dónde se debería enfocar esta área del conocimiento.