Introduction: School interventions are one of the most important strategies to combat obesity in children. Objective: To determine changes in eating patterns and nutritional status after an intervention of two years long that promoted healthy eating and physical activity in school children. Subjects and Method: 2,527 students, between first and fourth grade, were intervened for two years in the districts of Santiago Centro, Estacion Central and Peñalolen regarding Food, Nutrition and Physical Activity. Each parent underwent a Food Frequency Survey and the students were anthropometrically assessed at the beginning and at the end of the intervention. Results: 1,453 out of 2,527 completed the whole process. The prevalence of obesity decreased from 23.4 to 20.1%. Obese schoolchildren significantly increased fruit consumption (p < 0.05), fish (p < 0.01) and legumes ( p < 0.05 ) and reduced the consumption of soft drinks (p < 0.01) and cakes/candy/chocolates (p < 0.01). Conclusion: The results of this study demonstrate that interventions in schools on healthy eating and physical activity can improve the nutritional status of obese and overweighed children and increase healthy food consumption.Introducción: Las intervenciones a nivel escolar constituyen una de las estrategias más importantes para enfrentar la obesidad en la población infantil. Objetivo: Determinar los cambios en los patrones de alimentación y estado nutricional en una intervención de 2 años de duración en alimentación saludable y actividad física en escolares. Sujetos y Método: Se intervinieron durante 2 años a 2.527 estudiantes de primero a cuarto básico de escuelas básicas de las comunas de Santiago Centro, Estación Central y Peñalolén, en Alimentación- Nutrición y Actividad física. A cada apoderado se le realizó una Encuesta de Frecuencia de Alimentos y a los escolares una evaluación antropométrica al inicio y final de la intervención. Resultados: De 2.527 estudiantes intervenidos finalizaron 1.453. La prevalencia de obesidad disminuyó de un 23,4 a 20,1%. Los escolares obesos incrementaron de forma significativa el consumo de frutas (p < 0,05), pescado (p < 0,01) y leguminosas (p < 0,05) y redujeron el consumo de bebidas gaseosas (p < 0,01) y pasteles/dulces/chocolates (p < 0,01). Conclusión: Los resultados de este estudio demuestran que la intervención en los colegios en alimentación saludable y actividad física, puede mejorar el estado nutricional en escolares con sobrepeso y obesidad e incrementar el consumo de alimentos saludables.