Putre´s oregano (Origanum vulgare L.) is a variety of oregano that grown in the Arica-Parinacota Region. Its organoleptic attributes and unique production conditions have earned it a certification with Geographical Indication (GI). However, the demands of the markets require a scientific-technological support for identification and authentication of materials. In this context, was proposed to identify Putre's oregano by phylogenetic relationships based on the use of molecular markers SSR and "DNA Barcode". The results showed that when comparing materials from different sources of Putre´s oregano versus information from certified germplasms and GenBank sequences, added to the analysis with nuclear genetic markers, Putre´s oregano corresponds to the species Origanum vulgare L. subsp virens. This precise identification will support the correct differentiation and authentication of this genotype, serving in addition to supporting the GI.El orégano de Putre (Origanum vulgare L.) es una variedad de orégano que se cultiva en la Región de Arica y Parinacota. Sus atributos organolépticos y condiciones únicas de producción lo han hecho acreedor de una certificación con Indicación Geográfica (IG). Sin embargo, las exigencias de los mercados requieren de un respaldo científico-tecnológico de identificación y autenticación de materiales. En este contexto, se propuso identificar el orégano de Putre mediante relaciones filogenéticas a partir del uso de marcadores moleculares SSR y “DNA Barcode”. Los resultados demostraron que al comparar los materiales de distintas procedencias de orégano de Putre versus la información desde germoplasmas certificados y secuencias de GenBank, sumado al análisis con marcadores genéticos nucleares, el orégano de Putre corresponde a la especie Origanum vulgare L. subsp virens. Esta identificación precisa dará soporte a la correcta diferenciación y autenticación de este genotipo, sirviendo además de apoyo a la IG.