The main aim of the Inquiry Based Science Education Program (IBSE) is to contribute to the change and innovation in the learning and teaching of science, by means of a research-based approach that is expected to contribute to capacity building and to have an impact on policy definition. This paper describes the genesis, principal characteristics and evolution of the Program focusing mainly on the professional development principles and strategies as well as on the model aimed at producing changes in the educational system.El Programa de Educación en Ciencias Basada en la Indagación (ECBI) se propone contribuir al cambio y la innovación de la enseñanza-aprendizaje de las ciencias utilizando un enfoque que fundamentado en la investigación aporte a la construcción de capacidades e impacte la definición de la política. En este trabajo se describen la génesis, las características principales y la evolución del programa ECBI, con énfasis en los principios y estrategias de desarrollo profesional y las características del modelo orientadas a producir cambios en el sistema.