Prosopis tamarugo (Prosopis, Sect. Strombocarpa) is an important endangered tree species from the Atacama Desert (Chile). However, this species requires urgent conservation measures, for which it is necessary to evaluate their genetic diversity. Here, we present the characterization of the complete chloroplast genome of P. tamarugo; the first complete chloroplast of a species from the Strombocarpa section, obtained by next generation sequencing (NGS) methods. The complete chloroplast contains 161,575 bp and a total of 129 genes. A phylogenetic analysis of four Prosopis plastomes revealed that P. tamarugo is a sister species of the other Prosopis species albeit having smaller chloroplast sequence compared to those of other Prosopis species. Nine DNAcp markers were detected to distinguish between haplotypes. Therefore, the chloroplast sequence of P. tamarugo could be highly valuable for upcoming phylogenetic studies.Prosopis tamarugo (Prosopis, Sect. Strombocarpa) es una importante especie arbórea en peligro de extinción del desierto de Atacama (Chile). Sin embargo, esta especie requiere medidas de conservación urgentes, para lo cual es necesario evaluar su diversidad genética. Aquí presentamos la caracterización del genoma completo del cloroplasto de P. tamarugo, el primer cloroplasto completo de una especie de la sección Strombocarpa, obtenido por métodos NGS. El cloroplasto completo comprende 161.575 pb y un total de 129 genes. El análisis filogenético de cuatro plastomas de Prosopis reveló que P. tamarugo es una especie hermana de las restantes especies de Prosopis. La secuencia completa de cloroplasto de P. tamarugo fue más pequeña que la de otras especies de Prosopis. Se detectaron nueve marcadores DNAcp para distinguir entre haplotipos. Por lo tanto, la secuencia de cloroplasto de P. tamarugo podría ser valiosa para los próximos estudios filogenéticos.