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Characterization of the complete chloroplast genome of Prosopis tamarugo (Prosopis, Leguminosae), an endangered endemic tree species from the Atacama Desert

Caracterización del genoma completo del cloroplasto de Prosopis tamarugo (Prosopis, Leguminosae), una especie arbórea endémica en peligro del Desierto de Atacama

dc.creatorContreras-Díaz, Roberto
dc.creatorvan den Brink, Liesbeth
dc.creatorNavarrete-Fuentes, María José
dc.creatorArias-Aburto, Mariana
dc.date2021-12-27
dc.date.accessioned2021-12-30T15:36:00Z
dc.date.available2021-12-30T15:36:00Z
dc.identifierhttp://revistas.uach.cl/index.php/bosque/article/view/6841
dc.identifier10.4067/S0717-92002021000300365
dc.identifier.urihttps://revistaschilenas.uchile.cl/handle/2250/177317
dc.descriptionProsopis tamarugo (Prosopis, Sect. Strombocarpa) is an important endangered tree species from the Atacama Desert (Chile). However, this species requires urgent conservation measures, for which it is necessary to evaluate their genetic diversity. Here, we present the characterization of the complete chloroplast genome of P. tamarugo; the first complete chloroplast of a species from the Strombocarpa section, obtained by next generation sequencing (NGS) methods. The complete chloroplast contains 161,575 bp and a total of 129 genes. A phylogenetic analysis of four Prosopis plastomes revealed that P. tamarugo is a sister species of the other Prosopis species albeit having smaller chloroplast sequence compared to those of other Prosopis species. Nine DNAcp markers were detected to distinguish between haplotypes. Therefore, the chloroplast sequence of P. tamarugo could be highly valuable for upcoming phylogenetic studies.en-US
dc.descriptionProsopis tamarugo (Prosopis, Sect. Strombocarpa) es una importante especie arbórea en peligro de extinción del desierto de Atacama (Chile). Sin embargo, esta especie requiere medidas de conservación urgentes, para lo cual es necesario evaluar su diversidad genética. Aquí presentamos la caracterización del genoma completo del cloroplasto de P. tamarugo, el primer cloroplasto completo de una especie de la sección Strombocarpa, obtenido por métodos NGS. El cloroplasto completo comprende 161.575 pb y un total de 129 genes. El análisis filogenético de cuatro plastomas de Prosopis reveló que P. tamarugo es una especie hermana de las restantes especies de Prosopis. La secuencia completa de cloroplasto de P. tamarugo fue más pequeña que la de otras especies de Prosopis. Se detectaron nueve marcadores DNAcp para distinguir entre haplotipos. Por lo tanto, la secuencia de cloroplasto de P. tamarugo podría ser valiosa para los próximos estudios filogenéticos.es-ES
dc.formatapplication/pdf
dc.languageeng
dc.publisherUniversidad Austral de Chile, Facultad de Ciencias Forestales y Recursos Naturales.es-ES
dc.relationhttp://revistas.uach.cl/index.php/bosque/article/view/6841/7749
dc.rightsDerechos de autor 2021 BOSQUEes-ES
dc.sourceBOSQUE; Vol. 42 Núm. 3 (2021); 365-370en-US
dc.sourceBOSQUE; Vol. 42 Núm. 3 (2021); 365-370es-ES
dc.source0717-9200
dc.source0304-8799
dc.titleCharacterization of the complete chloroplast genome of Prosopis tamarugo (Prosopis, Leguminosae), an endangered endemic tree species from the Atacama Deserten-US
dc.titleCaracterización del genoma completo del cloroplasto de Prosopis tamarugo (Prosopis, Leguminosae), una especie arbórea endémica en peligro del Desierto de Atacamaes-ES
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/article
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.typePeer-reviewed articleen-US
dc.typeArtículo evaluado por pareses-ES


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