Several risk factors have been linked to the etiology of obesity, including genetic, psychological, and behavioral factors. The aim of the study was to determine whether perceived discrimination was directly associated with obesity, and indirectly via negative affectivity and diet quality. Four hundred and twenty participants from a regional state university in southern Chile were enrolled in the study, using a convenience non-probabilistic sampling procedure (248 women, average age 44 years, SD = 8.79). Participants completed measures of perceived discrimination, perceived psychological stress, state-trait anxiety, and depressive symptoms (CES-D) and self-reported their diet quality. Structural equation modeling revealed that perceived discrimination was not directly related to obesity (measured using waist size circumference, WSC), however, it was found to be associated with negative affectivity. The latter factor was associated with diet quality, which was itself directly related to WSC. There is a sequenced mediated effect of perceived discrimination on WSC via negative affectivity and diet quality. Though small, this effect is statistically significant. The negative effects of perceived discrimination on health are highlighted and an underlying mechanism linking these variables is identified.Diversos factores se asocian con la etiología de la obesidad, dentro de los cuales figuran factores genéticos, psicológicos y conductuales. El objetivo del estudio fue determinar si la discriminación percibida estuvo asociada directamente con obesidad e indirectamente, vía afectividad negativa y calidad de la dieta. Se realizó un muestreo no probabilístico por conveniencia de 420 funcionarios de una universidad regional estatal del sur de Chile (248 mujeres, promedio edad 44 años, DE = 8,79), quienes respondieron la escala de percepción de discriminación, estrés psicológico percibido, el inventario de ansiedad rasgo-estado y la escala de depresión CES-D, además de autorreportar la calidad de su dieta. El análisis de ecuaciones estructurales reveló que la discriminación no se relacionó directamente con la obesidad (medida con el perímetro de cintura), pero sí con la afectividad negativa, lo que se vinculó con calidad de la dieta y esta con el perímetro de cintura. Existe una secuencia de mediación de la percepción de discriminación en el perímetro de cintura, vía afectividad negativa y calidad de la dieta que, aunque pequeña en magnitud, es estadísticamente significativa. Se destacan los efectos negativos de la discriminación en salud y se identifica un mecanismo subyacente a esta relación.