Some known flavonols from the outer bark polar fraction of the native species Croton polycarpus Benth. (Euphorbiaceae) were isolated and quercetin, quercitrin and rutin were identified as the most abundant constituents. From this sample, a clean TLC non polar sub-fraction (A-1) obtained by CC, afforded several isomeric compounds, which were characterized by GC-MS/EI and its results conduct to a group of eighteen sesquiterpenoids with a unique Rf value in TLC; among them, one sesquiterpene hydrocarbon with molecular weight (MW) of 200 g/mol (C15H20), two with MW 202 g/mol,(C15H22), thirteen with a MW of 204 g/mol (C15H24) and two sesquiterpenols with MW 220 g/mol (C15H24O) were determined. From its fresh leaves essential oil obtained by two methods, hydro-distillation and supercritical CO2 extraction, other terpenoids were identified, where the first one process was more efficient (1.5% DM yield) than the last one, and it was selected for a pilot study. This is the first report about chemical composition of the native species C. polycarpus, and the analysis of sesquiterpene isomerism is very important to recognize its structural diversity and similar chemical behavior.De la fracción polar de la corteza de la especie nativa Croton polycarpus, (Euphorbiaceae) se separaron algunos flavonoles y quercetina, quercitrina y rutina se identificaron como los constituyentes más abundantes. Desde una fracción apolar de esta muestra, se obtuvo por CC una fracción limpia en CCD (C-2), cuyo fraccionamiento por análisis por CGAR-EM/IE permitió determinar un grupo de 18 sesquiterpenoides mayoritarios los cuales presentan un valor único de Rf; entre estos se detectó un hidrocarburo de PM 200 (C15H20), dos derivados de PM 202 (C15H22), trece son hidrocarburos isómeros con PM 204 g/mol (C15H24) y dos terpenoles de PM 220 uma (C15H24O). De igual forma, de las hojas frescas se extrajo el aceite esencial, por dos métodos: hidrodestilación y extracción con CO2 supercrítico (SFE), y el primero de ellos fue el más eficiente (1,5% rendimiento en peso seco) por lo cual se seleccionó para el desarrollo de experimentos a escala de planta piloto. Este informe es la primera contribución al conocimiento de la composición química y la bioactividad de las hojas y corteza de la especie arbórea nativa Croton polycarpus (Euphorbiaceae) y el análisis de mezclas de sesquiterpenos isómericos es muy importante para reconocer la diversidad estructural y su similitud en polaridad y comportamiento químico.