The genus Aspergillus has been isolated from cocoa plantations worldwide. However, there is not enough information about its role in the occurrence of diseases. Aspergillus niger strains were characterized by morphological and molecular techniques. The sequences of A. niger were deposited in the GenBank databases. In addition, the antagonistic effect of Trichoderma asperellum VSL80 against A. niger strains was evaluated, obtaining a biocontrol index (BCI) between 15.36 and 88.71%. Scanning electron microscopy showed that the Trichoderma hyphae grew in parallel with the hyphae of A. niger and, in some cases, they were found together with the hyphae of the pathogenic fungus preventing their development. On the other hand, the maximum enzymatic activity of xylanases produced by A. niger in submerged culture was 1.128 U mL-1 at 96 h. The morphological and molecular characterization of A. niger strains confirms its presence in Mexico. In addition, information obtained of the BCI may be important for the development of strategies for the prevention and control of this fungus. The enzymatic activity of A. niger during mycoparasitism by T. asperellum could explain the low BCI observed in some A. niger strains confronted with T. asperellum. Finally, the xylanolytic enzyme production by A. niger indicated that this fungus could be used in the industry to obtain xylanases. El género Aspergillus ha sido aislado a nivel mundial de plantaciones de cacao, sin embargo, no hay suficiente información sobre su implicación en la aparición de enfermedades. Las cepas de Aspergillus niger se caracterizaron morfológica y molecularmente. Las secuencias de A. niger se depositaron en las bases de datos del GenBank. También se evaluó el efecto antagónico de Trichoderma asperellum VSL80 frente a las cepas de A. niger, obteniéndose un índice de biocontrol (BCI) de entre 15,36 y 88,71%. Se observó por microscopia electrónica de barrido que las hifas de Trichoderma crecieron en paralelo con las hifas de A. niger y en algunos casos se encontraron unidas con las hifas del hongo patógeno impidiendo su desarrollo. Por otro lado, la actividad enzimática máxima de xilanasas producida por A. niger en cultivo sumergido fue de 1,128 U mL-1 a las 96 h. La caracterización morfológica y molecular de las cepas de A. niger confirmó su presencia en México. Además, la información obtenida del BCI puede ser importante para el desarrollo de estrategias para la prevención y control de este hongo. La actividad enzimática de A. niger durante el micoparasitismo por T. asperellum podría explicar el bajo BCI observado en algunas cepas de A. niger confrontadas con T. asperellum. Finalmente, la producción de enzimas xilanolíticas por A. niger indicó que este hongo podría usarse en la industria para obtener xilanasas.