Los hongos son relevantes en la descomposición de la materia orgánica, ciclado de nutrientes y su disponibilidad para las plantas. El objetivo del presente estudio fue evaluar la comunidad fúngica de suelos con diferente uso utilizando la técnica PCR-DGGE. Se tomaron muestras de suelo (0-5 y 5-20 cm de profundidad) de agricultura continua bajo siembra directa (AC), monte de Acacia sp. (MA) y pastizal natural (PN), en la región pampeana Argentina. La composición de la comunidad de hongos fue analizada utilizando la técnica molecular de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), electroforesis en geles con gradiente desnaturalizante (DGGE). A partir de los perfiles de bandas de los geles DGGE se determinaron el número de bandas (S) y el coeficiente de similitud de Jaccard. Los perfiles obtenidos de la amplificación de fragmentos de ADN permitieron detectar especies únicas en los primeros 5 cm de suelo para los usos de MA, AC y PN, al igual que para MA y PN en los 5 a 20 cm de profundidad. Por otro lado, se observaron fragmentos compartidos entre los tres usos de suelo. El dendrograma identificó dos grupos, con un nivel de similitud próximo a 35%. Los perfiles moleculares determinaron que la comunidad del PN se diferenció de las de MA y AC, los cuales están más cercanos entre sí. En conclusión, la técnica PCR-DGGE permitió determinar diferencias en la composición de las comunidades fúngicas edáficas entre suelos con diferente uso en la región pampeana Argentina.