Although examples coming from biochemistry have already been explored in the philosophy of sciences as case studies, the philosophy of biochemistry (i.e. the systematic philosophical study of the metascientific problems of this science) is a nascent subdiscipline. In this article, two philosophical problems of contemporary relevance within this science will be explored. First, we are going to examine the epistemological bases of the protein folding problem, mostly concerning protein 3D structure prediction from its sequence, which has given much to talk about due to new advances involving deep learning. Second, we will explore the in-vitro/in-vivo problem and, more generally, the extrapolation problem in biological sciences. Finally, taking into account the consequences of both subjects, we will consider some philosophical reflections about reductionism, pluralism and the place of biochemistry among biological sciences.Si bien en la filosofía de las ciencias ya se han explorado algunos ejemplos provenientes de la bioquímica como casos de estudio, la filosofía de la bioquímica (i.e. el estudio filosófico sistemático de los problemas metacientíficos de esta ciencia) es una subdisciplina naciente. En este artículo estudiaremos dos problemas filosóficos de relevancia contemporánea en esta ciencia. Por un lado, examinaremos las bases epistemológicas del problema del plegamiento de proteínas. En particular lo relacionado con la predicción de la estructura tridimensional de las proteínas a partir de su secuencia, asunto que ha dado mucho que hablar debido a los nuevos avances utilizando deep learning. Por otro lado, exploraremos el problema in-vitro/in-vivo y, más generalmente, el problema de la extrapolación en las ciencias biológicas. Finalmente, a partir de las consecuencias de ambos temas consideraremos algunas reflexiones filosóficas generales acerca del reduccionismo, el pluralismo y el lugar de la bioquímica en las ciencias biológicas.