La creación en el siglo XVIII de las Secretarías de Estado y del Despacho, así como de Juntas especiales para el conocimiento de asuntos eclesiásticos, no impide afirmar el protagonismo que el Consejo de Indias siguió revistiendo en el gobierno de la Iglesia en América. El regalismo borbónico, más que una estrategia sistemática y novedosa de atribución de un nuevo papel al rey en los asuntos eclesiásticos, se siguió canalizando a través de la resolución de expedientes concretos, en los que el Consejo intervino. En la mayor parte de los casos, la posición de los consejeros de Indias fue más bien favorable a las prerrogativas de la Santa Sede. Sin embargo, la postura de los fiscales del Consejo de Indias, unido a la de los fiscales del Consejo de Castilla y los ministros de Indias permitió de manera progresiva ampliar el ámbito competencial de la corona en materias eclesiásticas. Ello no permite, sin embargo, afirmar una ruptura sustancial con la política desarrollada por los reyes durante los siglos XVI y XVII. También ahora, las herramientas interpretativas propias de la cultura jurídica del ius commune permitieron argumentar a favor de una mayor intervención del rey en los asuntos de la Iglesia en América, sin que sea posible hablar de un cambio de paradigma en el modo de entender el papel de la Corona en el gobierno de la Iglesia en Indias