The years of Fray Miguel García Serrano’s government at the head of the archbishopric of Manila (1620-1629) were arduous and difficult, having to face internal challenges, such as the promotion of the prebendaries and the succession in vacant sees, and external ones, mainly the visitations of the doctrinas or parishes, the question of the “alternative system” and the jurisdictional conflicts with the Royal Audiencia. It was not easy, despite the support of Governor Alonso Fajardo de Tenza (1618-24) and the fathers of the Society of Jesus. In this essay, I tackle the archbishop’s tenure from political and ecclesiastical microhistory, based primarily on primary sources and archival documents. The results show the complex nature of Church-State relations and the jurisdictional conflicts between colonial institutions in the Philippines in the 17th century.Los años de gobierno de fray Miguel García Serrano al frente del arzobispado de Manila (1620-1629) fueron arduos y difíciles, teniendo que afrontar desafíos internos, como la promoción de los prebendados y la sucesión en sedes vacantes, y externos, principalmente las visitas a las doctrinas o parroquias, la cuestión del “breve de la alternativa” y los conflictos jurisdiccionales con la Real Audiencia. No le fue nada fácil, a pesar de contar con el apoyo del gobernador Alonso Fajardo de Tenza (1618-1624) y de los padres de la Compañía de Jesús. En este ensayo analizo su labor de gobierno, a partir del estudio de la microhistoria política y eclesiástica, basado fundamentalmente en fuentes primarias y documentos de archivo. Los resultados muestran la compleja naturaleza de las relaciones Iglesia-Estado y los conflictos jurisdiccionales existentes entre las instituciones coloniales, en Filipinas en el siglo XVII.