El ecosistema antártico es una de las regiones del mundo más sensibles al cambio climático, y presenta amplia variabilidad ambiental que modifican los patrones espaciales y temporales de la estructura fitoplanctónica. Se estudió la comunidad del fitoplancton y su variabilidad espacial y temporal de la ensenada Mackellar-bahía Almirantazgo, Antártida, en los veranos australes de 2012 y 2013. Se hicieron muestreos de agua para fitoplancton y variables ambientales en 11 estaciones a tres profundidades (0, 10 y 20 m). La masa de Agua Superficial Antártica de la zona de estudio fue reconocida. La composición total del fitoplancton en la columna de agua incluyó 40 taxones de diatomeas, 6 taxones de dinoflagelados y varias especies de nanoflagelados (< 20 µm). Los nanoflagelados pertenecen a Prasinophyceae, Cryptophyta y Haptophyta. La alternancia entre diatomeas del microplancton (20-200 µm) y nanoflagelados (< 20 µm) fue evidente durante el período de estudio: en el verano 2012 el grupo de los nanoflagelados fue más abundante (86%), con especies de diatomeas del género Thalassiosira sp. (11%), y para el verano 2013 los nanoflagelados disminuyeron considerablemente (20%), la abundancia del fitoplancton estuvo dominada por diatomeas como Thalassiosira delicatula (36%), Pseudo-nitzschia grupo delicatissima (9%), Porosira glacialis (6%), y el dinoflagelado Gymnodinium sp. (19%). La densidad celular en el verano 2012 fue menor, en comparación con el verano 2013, donde ocurrió una floración de diatomeas. La diversidad del fitoplancton fue baja (< 1,97 bits⋅célula-1) en ambos veranos. Las principales diferencias fueron la dominancia de diatomeas del microplancton y nanoflagelados, las cuales probablemente fueron causadas por la disminución de la salinidad y el aumento de oxígeno superficial observado en la Antártida, producto del deshielo ocurrido durante los veranos 2012 y 2013.