Clausena excavata is a famous folklore medicinal plant in Asian region that is being used for the treatment of different disorders. This study investigated the cytotoxic effects of leaf extracts via MTT assay, as well as the in vitro apoptotic activities of the ethyl acetate C. excavata leaf extract (EACE) on human Burkitt’s lymphoma, Raji, cell line using annexin-V-FITC/propidium iodide flow cytometric assays. Pro-apoptotic (BAX) and anti-apoptotic (BCL-2, c-MYC) gene expressions were determined via real-time quantitative PCR. Phytochemical screening was done by Gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS). EACE has the lowest IC50 (19.3 ± 0.35 μg/mL) among extracts. EACE-treated Raji cells after 48 h underwent apoptosis as evident by loss of cell viability and increase in the percentage of early and late apoptotic cells. The results also showed EACE mediated decreased in the BCL-2 and c-MYC gene expressions and increased in the BAX gene. C. excavata is a potential treatment for Burkitt lymphoma through activation of apoptosis.Clausena excavata es una planta medicinal tradicional famosa en la región asiática que se utiliza para el tratamiento de diferentes trastornos. Este estudio investigó los efectos citotóxicos de los extractos de hojas a través del ensayo MTT, así como las actividades apoptóticas in vitro del extracto de hoja de acetato de etilo de C. excavata (EACE) en la línea celular de linfoma de Burkitt humano, Raji, usando citometría de flujo de yoduro de anexina-V-FITC/propidio. Las expresiones génicas proapoptóticas (BAX) y antiapoptóticas (BCL-2, c-MYC) se determinaron mediante PCR cuantitativa en tiempo real. El cribado fitoquímico se realizó mediante cromatografía de gases-espectrometría de masas (GC-MS). EACE tiene el IC50 más bajo (19,3 ± 0,35 μg/mL) entre los extractos. Las células Raji tratadas con EACE después de 48 h sufrieron apoptosis como es evidente por la pérdida de viabilidad celular y el aumento en el porcentaje de células apoptóticas tempranas y tardías. Los resultados también mostraron una disminución mediada por EACE en las expresiones de los genes BCL-2 y c-MYC y un aumento en el gen BAX. C. excavata es un tratamiento potencial para el linfoma de Burkitt a través de la activación de la apoptosis.