In some valleys in northern Chile, the natural water reservoirs used for human consumption contain high levels of boron (> 25 mg/L). In local Pre-Colombian populations, this resulted in overexposure which is harmful to human health, causing gastrointestinal and other issues. Boron levels vary regionally, with the Lluta and Camarones Valleys presenting higher mean values (14 and 25 mg/L, respectively) than the Azapa Valley (1 mg/L). To estimate concentrations in northern Chile’s pre-Columbian populations, we used molecular absorption spectrophotometry to analyze rib samples of 211 individuals from these valleys. All the ancient rib samples presented mean boron values approximately 7 to 23 times higher than the 10.2 mg/Kg reported for modern bone tissue. Levels were highest in inhabitants of the Lluta Valley (235.52 mg/Kg) and Camarones Valley (119.09 mg/Kg), followed by those from the Azapa Valley (69.97 mg/Kg). We conclude that boron overexposure significantly impacted northern Chile’s ancient populations, and the discussions of pre-Columbian settlements and biocultural trajectories should consider water quality.Algunos valles del norte de Chile presentan alto contenido de boro en sus aguas (> 25 mg/L), reservorios naturales para el consumo humano. En las poblaciones precolombinas del norte de Chile, este consumo conllevó una sobreingesta de boro, elemento nocivo para la salud, que causa problemas gastrointestinales, entre otros. Las aguas de los valles de Lluta y Camarones presentan los promedios más elevados de boro (14 y 25 mg/L respectivamente) y el valle de Azapa, los más bajos (1 mg/L). Considerando estos antecedentes, mediante espectrofotometría de absorción molecular se estudiaron muestras de costillas de 211 individuos de los valles señalados para estimar las concentraciones de boro en poblaciones precolombinas del norte de Chile. Todas las muestras estudiadas presentaron valores promedios entre aproximadamente 7 a 23 veces más que los reportados para poblaciones modernas (10,2 mg/Kg de boro). Las poblaciones que habitaron los valles de Lluta (235,52 mg/Kg) y Camarones (119,09 mg/Kg) fueron las más afectadas, seguidas por el valle de Azapa (69,97 mg/Kg). Concluimos que las antiguas poblaciones del norte de Chile fueron significativamente afectadas por la sobreingesta de boro y que la calidad de las aguas debería ser considerada en las discusiones sobre el poblamiento y trayectorias bioculturales precolombinas.