Phytochemical bio-guided studies are used to find compounds with biological activity. Flavonoids from seeds of Leucaena species have antimicrobial activity in strains of medical interest, therefore, fresh seeds were collected from the town of Tlayacapan, Morelos, Mexico. The methanolic extracts were obtained by the maceration technique, targeted fractionation was performed using adsorption and molecular exclusion chromatographic techniques; to observe the antimicrobial activity, agar diffusion techniques were used; spectrometric and spectroscopic techniques were used for the characterization of D-pinitol, resulting from the fractionation of L. leucocephala. Antimicrobial activity was found on strains of Escherichia coli CUSI and Staphylococcus aureus ATCC 29213 of the most polar fractions, identifying the responsible compounds by HPLC: caffeic acid, gallic acid, p-coumaric acid, quercetin, catechin and apigenin, these compounds can inhibit the activation enzymatic, synthesis of nucleic acids and proteins, chelating with different ions, etc.Los estudios biodirigidos fitoquímicos son empleados para encontrar compuestos con actividad biológica. Los flavonoides de semillas de especies de Leucaena son reportados por tener actividad antimicrobiana sobre cepas de interés médico, por tanto, se colectaron semillas frescas de la localidad de Tlayacapan, Morelos, México. Se obtuvieron los extractos metanólicos mediante la técnica de maceración, el fraccionamiento dirigido se realizó empleando técnicas cromatográficas de adsorción y exclusión molecular; la actividad antimicrobiana se determinó mediante técnicas de difusión en agar; se utilizaron técnicas espectrométricas y espectroscópicas para la caracterización del D-pinitol, resultado del fraccionamiento de L. leucocephala. Se encontró actividad antimicrobiana sobre cepas de Escherichia coli CUSI y Staphylococcus aureus ATCC 29213 de las fracciones más polares, identificando los compuestos responsables vía HPLC: ácido caféico, ácido gálico, ácido p-cumárico quercetina, catequina y apigenina, dichos compuestos pueden inhibir activación enzimática, síntesis de ácidos nucleicos y proteínas, quelarse con diferentes iones, etc.