El propósito de este trabajo fue evaluar la relación entre la conciencia morfológica (CM) y la comprensión de lectura (CL) en estudiantes de lengua española.  Se utilizó un diseño transversal, con una muestra de 120 niños chilenos pertenecientes a 4°, 5° y 6° año básico (entre 9 y 12 años), agrupados en: a) buena y b) baja comprensión lectora. Se analizó la conciencia morfológica (CM) entre cursos y entre los 2 grupos. Se comparó con ANOVA y prueba t-Student, respectivamente. De esta forma, se estudió la contribución de los morfemas a la comprensión lectora con regresión lineal múltiple.  Los resultados indicaron una relación entre la CM y la CL, la cual se vuelve más fuerte a medida que aumenta el nivel de educación básica (p<.001). Se observaron puntajes de CM diferentes entre 4° y 5° básico (p<.001), permaneciendo muy similares entre 5° y 6° año (p>.05). No se encontró ningún incremento en niños con baja comprensión lectora. El morfema prefijos fue el único que se asoció con CL (p=.021). De acuerdo esto, se concluye que existe relación entre CM y CL en niños entre 4° y 6° año básico. La cantidad de prefijos que existen en la lengua española se manifiesta en la relación de este morfema con la CL. Finalmente es posible que exista un periodo crítico de adquisición de la CM en 5° año básico, pero se requieren más estudios al respecto.