Los estudios sobre segregación residencial en el Perú han privilegiado el estudio de la ciudad capital, en desmedro de ciudades con otras escalas y contextos. En este artículo analizamos los niveles y patrones de segregación residencial en dos ciudades del Perú, ubicadas en la macro región sur: Arequipa y Tacna. A partir de los datos proporcionados por los censos de los años 2007 y 2017, se analizaron indicadores sintéticos y espaciales de segregación en ambas ciudades, tomando como referencia el nivel educativo del jefe de hogar y calculando los datos para las escalas de manzana, área censal y distrito. Los resultados muestran que se mantienen patrones de segregación heredados, al mismo tiempo que los crecientes estratos medios son incluidos en los asentamientos populares más consolidados. Además, se identificaron procesos que refuerzan la segregación, como la modificación de la función de las áreas centrales, producción de suelo urbano para estratos altos y homogeneidad de desventajas en nuevas áreas de expansión urbana, las que están vinculadas particularmente en la ciudad de Arequipa en la ocupación sobre áreas de riesgo. El estudio sugiere que estos procesos dan forma a un patrón de segregación urbana de baja escala o fragmentación en ambas ciudades que coexisten con los patrones heredados.Studies on residential segregation in Peru have privileged the study of the capital city, to the detriment of cities with other scales and contexts. This article analyzes the residential segregation levels and patterns in two Peruvian cities in the southern macro-region: Arequipa and Tacna. Based on data provided by the 2007 and 2017 censuses, synthetic and spatial segregation indicators were analyzed in both cities, taking as reference the educational level of the head of household and calculating the data on the block, census area, and district scales. The results show that inherited segregation patterns are maintained, while at the same time, the growing middle-class sectors are included in the more consolidated working-class settlements. In addition, processes that reinforce segregation were identified, such as the modification of the role of central areas, urban land production for the upper-class areas, and homogeneity of disadvantages in new areas of urban expansion, which are linked, particularly in the city of Arequipa, to the occupation of risk areas. The study suggests that these processes shape a low-scale urban segregation or fragmentation pattern in both cities, which coexists with inherited patterns.