ANTECEDENTES. Existe un aumento sostenido de la prevalencia de trastornos mentales en estudiantes universitarios, situación agudizada por la pandemia por COVID-19. OBJETIVOS. Caracterizar la sintomatología de salud mental y el bienestar psicológico en un grupo de universitarios chilenos y explorar cambios en su situación durante el año académico en pandemia. METODOLOGÍA. Diseño longitudinal, con dos mediciones utilizando un conjunto de instrumentos validados incluidos en un sistema de seguimiento del bienestar psicológico estudiantil (SIS-BP) disponible en una plataforma en línea. La muestra, de 1176 estudiantes, no probabilística, fue obtenida por participación voluntaria. RESULTADOS. Se encontraron diferencias entre las administraciones, mostrando que, junto con producirse deterioro de la salud mental y el bienestar psicológico, también se desarrollan procesos de fortalecimiento de capacidades. CONCLUSIÓN. Se destaca la importancia de acciones institucionales oportunas para sostener la trayectoria estudiantil frente al impacto de situaciones de emergencia en la salud mental de esta población.BACKGROUND. There is a sustained increase in the prevalence of mental disorders in college students, a situation exacerbated in 2020 by the COVID-19 pandemic. OBJECTIVES. To characterize the symptoms of mental health and psychological well-being in Chilean college students and to explore changes in the situation of students throughout the academic year during the pandemic. METHODOLOGY. A longitudinal survey design was used, with two measurements using a set of validated instruments included in a student psychological well-being monitoring system (SIS-BP), available on an online platform. The non-probabilistic sample of 1176 students were obtained by voluntary participation. RESULTS. Differences were found between the administrations, showing that, along with the deterioration of mental health and psychological well-being, capacity building processes are also developed. CONCLUSION. The importance of timely institutional actions to sustain the trajectory of its students in the face of the impact of emergency situations on the mental health of this population is highlighted.