La cuenca del estero Nonguén es un ejemplo de la realidad que se observa en la mayoría de las cuencas localizadas en zonas urbanas, debido al alto grado de intervención que presenta en su parte baja, influenciada por el constante aumento de la alta densidad poblacional. Sin embargo, en su parte alta aún es posible observar sitios con muy poca intervención que permiten la conservación de ecosistemas acuáticos en condiciones relativamente prístinas. Se realizó una caracterización fisicoquímica del agua del estero Nonguén y de la zona de confluencia con el río Andalién. Los resultados mostraron que la parte alta de la cuenca presenta aguas de muy buena calidad, pero en la parte baja, a medida que la actividad urbana comienza a ser más intensa, esta calidad comienza a disminuir mostrando condiciones fisicoquímicas completamente distintas a las demás zonas evaluadas (ANOSIM, parwise test R = 1; p = 0.333). Palabras clave: calidad de agua, contaminación, cuenca.