Background: Endocervical infection by Chlamydia trachomatis is considered one of the leading causes of infertility worldwide. During pregnancy, it can lead to serious complications such as premature rupture of membranes and premature births. Aim: To determine the prevalence of genital infection by C. trachomatis in pregnancy and infertile women from Mexico City. Methods: The detection of C. trachomatis was performed by real-time PCR with the commercial kit COBAS® TaqMan CT Test v2.0 (Roche Molecular System). Results: We analyzed 2,352 endocervical swabs; 102 were positive (4.3%). Age prevalence showed that pregnant adolescents (15 to 19 years of age) had the highest risk of infection (10.9%, RR = 3.23 [95% IC: 1.79-5.84]), followed by young women aged 20 to 24 years, with a prevalence of 5.6% (RR = 1.65 [95% IC: 0.82-3.34]). Discussion: The results indicate that the prevalence is within the range reported worldwide. However, pregnant adolescents were those with a higher prevalence than infertile women were. Conclusion: A systematic screening of C. trachomatis infection in women younger than 24 years of age, and in pregnant women is necessary to reduce the incidence of infertility and perinatal complications.Introducción: La infección endocervical por Chlamydia trachomatis es considerada una de las principales causas de infertilidad en todo el mundo. Durante el embarazo puede conducir a complicaciones graves como la ruptura prematura de membranas y los partos prematuros. Objetivo: Determinar la prevalencia de infección genital por C. trachomatis en mujeres embarazadas e infértiles de la Ciudad de México. Métodos: La detección de C. trachomatis fue mediante reacción de polimerasa en cadena tiempo real (RPC-TR) con el kit comercial COBAS ® TaqMan CT Test v2,0 (Roche Molecular System). Resultados: Se analizaron 2.352 muestras; 102 fueron positivas (4,3%). La prevalencia por edad mostró que las adolescentes embarazadas (15 a 19 años) fueron las de mayor riesgo de infección (10,9%, RR = 3,23 [IC 95%: 1,79-5,84]), seguido de mujeres jóvenes de 20 a 24 años, con prevalencia de 5,6% (RR = 1,65 [IC 95%: 0,82-3,34]). Discusión: Los resultados indican que la prevalencia está dentro del rango reportado en el concierto mundial. Sin embargo, las adolescentes embarazadas tuvieron mayor prevalencia que las mujeres infértiles. Conclusión: Es imperioso realizar un rastreo sistemático de infección por C. trachomatis en mujeres bajo 24 años de edad, y en mujeres embarazadas para disminuir los casos de infertilidad y las complicaciones perinatales.