Introduction: The effectiveness of colonoscopy depends on multiple factors, being two of the most important ones an adequate bowel preparation and the patient’s tolerability to the preparation. Objectives: Compare effectiveness and tolerability of two bowel preparation agents, polyethylene glycol (PEG) and sodium picosulfate/magnesium citrate (SPMC). Patients and Methods: Randomized clinical trial on outpatients that went into colonoscopy in INDISA Clinic. We evaluated effectiveness and tolerability with Boston Bowel Preparation Score (BBPS) and Lawrence questionnaire [composed by Likert scale, two qualitative questions and Visual Analogue Scale (VAS) for pain], respectively. Results: 189 patients, 123 were randomized to PEG and 66 to SPMC. BBPS average in patients in the PEG branch was 7.51 (SD 1.66) and for SPMC 7.12 (SD 1.71) (p = 0.111). Likert scale for evaluating tolerability average for PEG was 0.94 (SD 0.68) and for SPMC 0.63 (SD 0.61) (p = 0.0004). VAS scale for PEG had an average of 7.68 (SD 2.4) and for PSCM 9.04 (SD 1.59) (p < 0.0001). When we asked for workplace absenteeism, there were no significant differences between both groups and when we asked about using the same intestinal preparation in a future colonoscopy there was statistical significance in favor to SPMC (p = 0.026). Conclusions: No differences were noted on effectiveness between the PEG and SPMC bowel preparations. Nevertheless, SPMC appeared to be better tolerated by patients.Introducción: La efectividad de la colonoscopia depende de múltiples factores, destacando la calidad de preparación intestinal y la tolerabilidad que tenga el paciente a la preparación administrada. Objetivo: Comparar dos agentes de preparación intestinal, el polietilenglicol (PEG) y el picosulfato de sodiocitrato de magnesio (PSCM) en términos de efectividad y tolerabilidad de la preparación. Pacientes y Método: Ensayo clínico aleatorizado en pacientes ambulatorios sometidos a colonoscopia en Clínica INDISA. Evaluando efectividad y tolerabilidad con el Boston Bowel Preparation Score (BBPS) y cuestionario de Lawrence [compuesto por escala Likert, dos preguntas cualitativas y escala visual análoga (EVA)], respectivamente. Resultados: 189 pacientes, de los cuales 123 se aleatorizaron a PEG y 66 a PSCM. El BBPS en los pacientes que utilizaron PEG, la media fue 7,51 (DS 1,66) y con PSCM fue 7,12 (DS 1,71) (p = 0,111). Al analizar la tolerabilidad con escala Likert, la media con PEG fue 0,94 (DS 0,68) y con PSCM fue 0,63 (DS 0,61) (p = 0,0004). La EVA con PEG tuvo una media de 7,68 (DS 2,4) y con PSCM de 9,04 (DS 1,59) (p < 0,0001). Al preguntar ausentismo laboral, no hubo diferencias significativas en ambos grupos y al preguntar si ocuparía la misma preparación en una futura colonoscopia, hubo significancia estadística a favor del PSCM (p = 0,026). Conclusión: No encontramos diferencias en la efectividad de preparación intestinal al comparar PEG y PSCM, sin embargo, el PSCM es mejor tolerado.