La salud mental de los docentes constituye una situación de riesgo para la educación chilena, la literatura científica reconoce que el burnout o desgaste docente afecta el ejercicio profesional en la escuela, asimismo reconoce la influencia del prejuicio o creencias negativas del docente respecto de la enseñanza. En este marco, la presente investigación se sitúa en establecimientos escolares vulnerables insertos en contextos mapuches de la región de la Araucanía, asumiendo los objetivos de conocer la existencia de burnout docente, la influencia del prejuicio étnico como elemento generador de burnout y su incidencia sobre las prácticas pedagógicas. Metodológicamente la investigación posee un diseño cuantitativo- cualitativo, con aplicación de cuestionarios y entrevistas semiestructuradas a un total 92 sujetos, desarrollándose codificación abierta y axial. Entre los resultados se encontró importantes manifestaciones de burnout en el profesorado, concentrando su sintomatología en las dimensiones de cansancio emocional y baja realización profesional. Se constató además la existencia de elementos generadores de burnout docente a nivel intra y extra aula, entre los que destaca la existencia de prejuicio étnico docente, concentrado en las complejas condiciones de educabilidad de los estudiantes, constatándose la existencia de sentimientos de incontrolabilidad docente que perpetúan e incrementan la vivencia de burnout. Los resultados han revelado que el burnout docente afecta las prácticas pedagógicas en diversos aspectos, desde las dimensiones de ‘preparación para la enseñanza’ y ‘enseñanza para la diversidad’ en las escuelas rurales insertas en comunidades mapuches.