La ñuña es una especie originaria de los Andes centrales, sus granos presentan alto contenido de proteínas y es consumida tostada. Se estudiaron 24 entradas, con el objetivo de determinar el nivel de duplicación del germoplasma de ñuña de la UNALM e identificar las entradas con mayor rendimiento de grano seco y calidad del grano tostado. La evaluación morfológica se realizó usando 30 descriptores agromorfológicos del frijol común y la caracterización molecular se hizo con la técnica RAPD, empleando seis iniciadores decaméricos. Según el análisis morfológico y molecular no se encontró duplicación de germoplasma en el material evaluado, y los dendogramas no forman grupos según el origen geográfico. Las entradas con mayor rendimiento de grano seco son UNALM-18, UNALM-16 y UNALM-15 con 1458.4, 1451.6 y 1337.4 kg/ha, respectivamente; mientras que las entradas con buena calidad de granos y mayor volumen de granos reventados son UNALM-15, UNALM-19 y UNALM-18 con 10.11, 9.46 y 7.04 ml de expansión. Estas entradas tienen alta potencialidad para su explotación comercial, las que deberán priorizarse en los programas de mejoramiento genético con la finalidad de generar nuevas variedades que respondan a las exigencias de mercado. Esto puede generar mayores ingresos y mejorar las condiciones de vida de los agricultores andinos.