En este artículo, se proponen dos modelos para describir el proceso de secado y el deterioro que ocurre en el procesamiento de materiales biológicos, partiendo de datos experimentales. El estudio fue desarrollado utilizando chile jalapeño (Capsicum annuum L.) y manzana en rebanadas como materias primas. El deterioro fue evaluado mediante cambio en la capacidad de rehidratación en chile jalapeño y cambios en el color en manzana. El modelo de secado propuesto se utilizó con las ecuaciones clásicas usadas en esta operación unitaria para predecir el tiempo de proceso. Tomando estos modelos, se desarrolló un software de análisis y predicción de los balances de masa y energía, como una herramienta de utilidad en el escalamiento o diseño de sistemas de secado, así como el daño que el material va a sufrir. El software desarrollado tuvo un excelente desempeño en materiales que muestran poca dispersión de los datos experimentales