El propósito de este trabajo consiste en implementar una metodología de selección de estructuras de modelos cinéticos, para el caso concreto de la degradación aerobia de los efluentes industriales de una empresa láctea regional, utilizando como herramienta la simulación. Esta se encuentra disponible en un software comercial específico y consiste en configurar para uno o varios sustratos, un set de estructuras de modelos de complejidad creciente, con velocidades de degradación independientes, para evaluar el comportamiento del sistema mediante combinaciones de las mismas, confrontando los resultados obtenidos por simulación con los datos experimentales. Los resultados alcanzados para una estructura relativamente simple se consideran satisfactorios para ser implementados industrialmente. El aporte más importante lo constituye la convalidación tanto de la metodología propuesta como de la potencialidad del software para ser aplicado al análisis de situaciones reales, lo cual resulta de especial importancia para el análisis y diseño de plantas de tratamiento