En este trabajo se comparan las frecuencias de vibración experimental con las frecuencias de vibración teóricas del Lapachol [2-hidroxi-3-(3-metil-2butenil)-1,4-naftoquinona]. Las frecuencias de vibración fueron calculadas usando la Teoría del Funcional de la Densidad (DFT). Estas frecuencias se utilizaron como referencia para la asignación de las bandas correspondientes en el espectro de infrarrojo experimental, que fue obtenido a partir del Lapachol extraído y purificado. Los valores experimentales y calculados tienen una muy buena correspondencia, validando así la eficiencia de la metodología utilizada para el cálculo y la simulación. Los resultados pueden ser usados en la asignación de las frecuencias de vibración correspondientes a complejos metálicos que tienen como ligando al Lapachol.