El objetivo de esta investigación fue estudiar el efecto del procesamiento térmico a temperatura constante, sobre la actividad residual de la enzima pectinmetilesterasa (PME), causante de la separación de fases en néctar de tomate de árbol (Solanum betaceum). Se evaluó un rango de temperaturas entre 40 y 90°C y tiempos de exposición entre los 5 y 20s. La actividad enzimática residual se midió por espectrofotometría a una longitud de onda de 620 nm. Se determinó el contenido de proteína mediante el método de Bradford. El tratamiento térmico aplicado a 60ºC durante 20 segundos de exposición redujo la actividad residual de PME hasta un 10% evitando la separación de fases del néctar. Se concluye que el tratamiento aplicado disminuyó el contenido de enzima en un 28% con respecto al testigo sin tratar.