Se presenta el análisis morfológico en el procesamiento óptico digital de imágenes para caracterizar los cilios y en particular, sus componentes estructurales, asociados al movimiento ciliar. Esto se hace a partir del modelo de un corte transversal del mismo. Se desarrolla una morfología matemática con algoritmos basados en herramientas de la segmentación de imágenes, para ser aplicados a cortes transversales de cilios reales. Se estudiaron componentes estructurales tales como los microtúbulos, las dineínas, la membrana citoplasmática y las proyecciones radiales. La aplicación de procesos digitales a imágenes obtenidas por microscopía electrónica de transmisión permitió evaluar el cambio de estructuras y anormalidades de cilios de mamíferos y a partir de estos resultados metodológicos, contribuir al diagnóstico de la disquinesia ciliar en mamíferos.