En este trabajo se propone utilizar una Red Neuronal Artificial (RNA) Perceptrón Multicapa (PMC) para simular la variación de la concentración de proteína de acuerdo con el tiempo y también para determinar la hora final del procedimiento, además de los parámetros óptimos del proceso de biodegradación de las proteínas de un efluente de matadero. Para eso, han sido utilizadas las papaínas, presentes en el látex de la papaya (Carica papaya) con el objetivo de disminuir la concentración de proteínas de un efluente de matadero a pH (5 y 7) con una temperatura de (25 y 30° C) controlada. Los resultados mostraron que las papaínas redujeron de 82% a 91% la concentración de proteína en 30 y 40 h de proceso. Las simulaciones con la RNA apuntaron que las condiciones perfectas fueron obtenidas a pH 5, con 30 °C y en 35 h, en el cual se ha alcanzado una reducción de 91% de la concentración de proteínas.