El uso de macroinvertebrados bentónicos como indicadores biológicos es de larga tradición en los países desarrollados y son incorporados en todas las evaluaciones de calidad ecológica de sistemas fluviales. En América Latina estos estudios son menos frecuentes y las normativas para la protección de los recursos acuáticos recién comienzan a elaborarse, como es el caso de Chile, dejando abierta la posibilidad al uso de criterios biológicos. El presente estudio realiza una adaptación de índices bióticos (IBE, BMWP, IBF y SIGNAL) los que son aplicados y comparados en una cuenca mediterránea de Chile, el río Chillan. Los resultados muestran el mismo patrón de comportamiento para todos los índices, definiendo áreas en buen estado y otras fuertemente impactadas desde el punto de vista biológico. Sin embargo, el IBF y el SIGNAL son más sensibles a perturbaciones no detectadas por el IBE y BMWP. Se discute la factibilidad de aplicación y ventajas que ofrece cada uno de los índices, permitiendo hacer una propuesta metodológica para Chile central