Los ecólogos y otros investigadores de campo suelen plantear estudios según una u otra variante del método científico hipotético deductivo. Muchos procuran seguir la metodología propuesta en parte por Karl Popper y promocionada por ecólogos experimentales entre otros, lo que puede designarse el Método Hipotético Deductivo riguroso (MHD). Sin embargo, pocos estudios de campo logran cumplir con los criterios estrictos del MHD. A menudo el investigador básico o aplicado termina recurriendo consciente o inconscientemente en un "método hipotético deductivo fantasma" en lugar del MHD. El único punto llamativo en común entre el MHD y sus variantes fantasmas es el uso de las palabras "hipótesis" y "predicción". Fuera del esquema estricto del MHD estos términos carecen de definiciones claras, consistentes, rigurosas o útiles al diseño, realización e interpretación del estudio en sí. La falta de una metodología de investigación integrada y coherente asociada con los "métodos hipotético deductivos fantasmas" aumenta el riesgo de que el investigador caiga en trampas metodológicas, analíticas y lógicas durante el estudio y su interpretación. Metodologías alternativas incluyen el Ciclo de Indagación y, para estudios de manejo, el Ciclo de Indagación Aplicada. El Ciclo de Indagación evita deliberadamente el uso de las palabras "hipótesis" y "predicción". En su lugar destaca una secuencia rigurosa de pasos teóricos y prácticos. Una comparación de las tres metodologías (el MHD, una variante "benéfica" de las metodologías fantasmas y el Ciclo de Indagación) paso por paso sugiere que el Ciclo de Indagación puede proveerle al investigador de un esquema que es a la vez más riguroso y completo que las metodologías fantasmas y más realista que el MHD para estudios de campo.