Introducción: El hipotiroidismo es una de las complicaciones del tratamiento del cáncer de cabeza y cuello, con incidencias que varían desde 7% a 57%. Objetivo: Estimar frecuencia de hipotiroidismo en pacientes con cáncer faringo laríngeo y determinar factores de riesgo. Material y método: Se realizó un estudio transversal, midiendo la función tiroidea de todos los pacientes diagnosticados y tratados por carcinoma escamoso de orofaringe, hipofaringe y laringe en el Servicio de Otorrinolaringología del Hospital San Juan de Dios entre enero de 2006 y diciembre de 2007. Resultados: El 55,5%> presentó una función tiroidea alterada en la evaluación posterior al tratamiento. La modalidad de tratamiento es crucial, variando de 35%> de alteración en el grupo tratado con radioterapia v/s 83%> de afección cuando ésta se asoció a cirugía. La quimioterapia no mostró efectos. Conclusiones: El hipotiroidismo es una complicación frecuente, pero poco reconocida, que ocurre en más del 50%> de los pacientes tratados por cáncer de orofaringe, hipofaringe y laringe.