Objetivo Los procesos destructivos del periodonto apical están en su mayoría mediados por proteasas específicas. Existe evidencia de que los niveles de metaloproteinasa de matriz extracelular-9 (MMP-9) en el fluido crevicular gingival (FCG) podrían reflejar la presencia de periodontitis apical asintomática (PAA). El objetivo de este estudio fue evaluar la actividad de MMP-9 durante la respuesta reparativa periapical en controles postendodóncicos entre una semana y 6 meses y en controles sanos. Materiales y métodos En este estudio prospectivo se incluyeron 28 pacientes con periodontitis apical asintomática, y se tomaron muestras de FCG a partir de dientes con PAA en línea base y controles postendodóncicos de una semana, uno, 3 y 6 meses. Adicionalmente se incluyeron controles contralaterales sanos. Las muestras se eluyeron y analizaron mediante gelatinogramas y densitometría. Resultados En pacientes con periodontitis apical asintomática se identificaron tanto la proforma como la forma activa de la MMP-9. Estas presentaron aumentos significativos en controles postendodóncicos de 3 y 6 meses con signos de reparación periapical. Conclusiones Los niveles de MMP-9 aumentaron significativamente en dientes con diagnóstico de PAA durante la fase reparativa. Estos resultados sugieren que MMP-9 también cumpliría un papel fisiológico durante la reparación periapical, que es susceptible de ser evaluado a través del análisis del FCG.