El estudio de las interacciones entre variables macro y micro de las organizaciones educativas representa un desafío para la comprensión de los efectos de los programas sociales, las intervenciones organizacionales y las estrategias en sala de clases que buscan mejorar la calidad y cobertura de los aprendizajes escolares. El objetivo de este estudio es profundizar el análisis de los efectos del Programa de Escuelas Críticas, comparando los resultados SIMCE 2002-2005-20061 de las escuelas intervenidas con un grupo control. Para esto se realizó un análisis multinivel que permitió explicar mejor la variabilidad de los resultados, obteniéndose que los mayores incrementos los obtienen las escuelas de menor nivel socioeconómico. Además se estimó un efecto establecimiento equivalente al 6% y se encontró que las expectativas de los padres y apoderados son un predictor significativo del logro académico a nivel individual. Estos resultados indican la urgencia de aumentar el efecto escolar en sectores de alta vulnerabilidad.