Una de las características del sistema escolar chileno actual es la creciente segmentación socioeconómica de sus estudiantes, la cual se agudiza en la última década a la par del crecimiento de la matrícula privada. En el centro de este fenómeno se haya el debate sobre la política de financiamiento del sistema escolar. Más allá de las medidas de vulnerabilidad individual de los estudiantes, en el artículo se discute la necesidad de incorporar aspectos de riesgo educativo asociados a los territorios donde éstos se localizan, y a las relaciones de dependencia entre estos territorios a nivel nacional. Para entender las relaciones entre territorios se analizan los procesos de migración cotidiana de estudiantes entre comunas, profundizando en el caso de la región de Los Lagos. Se concluye con recomendaciones para la política de financiamiento y de gestión de la educación pública, en el contexto del debate de la nueva arquitectura del sistema escolar chileno.