Frente a la actual crisis de la educación científica, la capacidad docente de transformar sus prácticas para mejorar el logro de aprendizajes parece ser fundamental. Los programas de formación docente continua tradicionales, generalmente prescriptivos y descontextualizados del aula, han tenido bajo impacto en los procesos de transformación de las prácticas docentes. El presente trabajo describe la primera fase de un programa de formación continua consistente en la construcción de dominios de encuentro entre el saber académico generado en la Universidad y el saber profesional de 16 profesores secundarios de Ciencias a través de un proceso de investigación-acción conjunta, basado en el trabajo colaborativo, la reflexión y la retroalimentación. Los resultados dan cuenta de la complejidad de generar significados comunes, los que una vez logrados, permiten fortalecer el razonamiento científico, la autoeficacia y conformación de una comunidad de aprendizaje que posibilita una actitud indagatoria hacia sus prácticas en Ciencias.