El artículo expone una investigación cualitativa, longitudinal que utiliza la metodología de investigación-acción acerca del desarrollo de una actividad innovadora en una escuela ubicada en un contexto vulnerable y de riesgo de exclusión social. Nuestro propósito es contribuir a la reflexión de lo que sucede en estos entornos cuando se adopta una iniciativa que lleva al desarrollo conjunto de un proyecto de innovación educativa, así como conocer los factores que favorecen o interfieren en la apropiación de tal innovación. Nuestro marco teórico toma los planteamientos del enfoque sistémico y de la Teoría de la Actividad Histórico-Cultural. Nuestros resultados indican la emergencia de contradicciones entre las prácticas, herramientas y metas del sistema de actividad innovador y el sistema de actividad de aula, que se convierten en el motor del cambio a través de la búsqueda colectiva de resolución de estas contradicciones y construcción de nuevos roles en la actividad innovadora.