Se determinó la distribución horizontal de la textura, concentración de materia orgánica, carbono orgánico e inorgánico y nitrógeno orgánico, del sedimento en muestras superficiales, recolectadas entre Puerto Montt y Boca del Guafo, durante los cruceros CIMAR 10 Fiordos (2004), CIMAR 11 Fiordos (2005) y CIMAR 12 Fiordos (2006). La distribución superficial de las características químicas permitió identificar dos zonas: una norte, entre Puerto Montt y el grupo de islas Desertores-Apiao-Quehui-Lemuy con concentraciones, que en general fueron altas (MOT > 5%, C-org > 1,6%, C-inorg >0,4% y N-org > 0,2%), y una sur, entre dicho grupo de islas y la Boca del Guafo con concentraciones, en general, bajas (MOT < 5,0%, C-org < 1,6%, C-inorg < 0,4% y N-org < 0,2%). Esta zonación se atribuyó a condiciones oceanográficas (estuarinas versus oceánicas; aporte de nutrientes, corrientes, mareas, producción planctónica primaria y secundaria), y aporte de material terrígeno de la zona adyacente. El sedimento terrígeno del borde de los ríos continentales Petrohué, Cochamó, Puelo, Reñihue y Yelcho presentó concentraciones altas de MOT > 7,5%, C-org >2,4%, C-inorg >0,4% y N-org >0,2%. La textura de las muestras marinas fue arenosa y limo-arcillosa, siendo la presencia de grava escasa e inferior al 4% en algunas muestras. El sedimento terrígeno del borde de los ríos fue preferentemente arenoso. La procedencia del sedimento (marino versus terrígeno) se infirió sobre la base de los valores de la relación C:N. Este resultó ser, mayoritariamente de origen marino, con la excepción de los fiordos continentales en que la componente terrígena fue importante.