Se desarrolló un sistema de recirculación (SR) integrando el cultivo del camarón con tapetes microbianos buscando mitigar los impactos ambientales de los subproductos del cultivo del camarón y avanzar hacia la biorremediación del agua de cultivo. Los consorcios microbianos obtenidos de ambientes naturales (TaM) estuvieron constituidos por bacterias (55,6%), cianófitas (18,4%), diatomeas (9%), nemátodos (5,6%) y clorófitas (1,4%), entre los grupos taxonómicos principales. La remoción de nutrientes y sólidos se evaluó en un SR (2 ciclos/hora) conteniendo (n = 3) 60 y 120 ind m-2 de Litopenaeus vannamei. Los resultados demostraron que los TaM redujeron los niveles de nitrógeno amoniacal por encima del 71% diariamente; la demanda bioquímica de oxígeno (DBO5) se redujo más de 68% y los sólidos suspendidos (SST) hasta en 62% al compararse con los sistemas control (p < 0,05). Los TaM secuestran la materia orgánica y mineral y ejercen un efecto clarificador en la columna de agua. La descomposición de la materia orgánica se debe al acoplamiento estrecho entre fotoautótrofos y nitrificantes contenidos en los TaM. Esta condición aumenta los niveles de nitrógeno inorgánico en la columna de agua y acelera la nitrificación por arriba de 10 mg N-NO3-L-1 (120 ind m-2), con lo cual se produce un aumento de hasta 750% más nitratos que los sistemas control. La remoción del fósforo no fue significativa (p > 0,05). El agua bio-remediada tiene un efecto positivo en el cultivo de Litopenaeus vannamei, y promueve el crecimiento y sobrevivencia en presencia de TaM en el SR.