Se analizaron muestras de zooplancton de 16 campañas oceanógraficas, efectuadas en Bahía Magdalena, Baja California Sur, México, entre agosto de 1997 y marzo de 2001. Se identificó un total de 26 grupos taxonómicos, de los cuales los más abundantes y frecuentes fueron copépodos y quetognatos; en 2000-2001 se observó una tendencia a disminuir entre 10 y 20 el número de grupos de zooplancton. La biomasa zooplanctónica y abundancia de copépodos disminuyeron en el periodo de estudio, en contraste con los quetognatos que tuvieron un ligero aumento. Las fluctuaciones de abundancia de zooplancton no estuvieron relacionadas con la concentración de clorofila-α, a diferencia de los máximos de abundancia de zooplancton, que estuvieron asociados a los cambios de la temperatura superficial del mar. El ciclo estacional de la abundancia del zooplancton en Bahía Magdalena, indicó que en invierno el promedió fue mayor de 65.000 ind 100 m-3 , valor que aumentó en primavera a más de 99.000 ind 100 m-3 , se mantuvo en verano alrededor de 100.000 ind 100 m-3 y en otoño descendió rápidamente a casi 40.000 ind 100 m-3.