Para emplear la captura por unidad de esfuerzo (CPUE) como índice de abundancia se debe realizar normalmente un proceso de estandarización que consiste en aislar desde las series de tiempo de CPUE todos aquellos efectos exógenos a las variaciones temporales de la abundancia. Dentro del conjunto de efectos exógenos, como aquellos generados por modificaciones en la eficiencia de las embarcaciones pesqueras, variaciones en las estrategias de pesca y variaciones ambientales, la elección de estos últimos ha sido considerada una de las etapas más difícil, arbitraria y menos documentada, debido a que los efectos ambientales varían en diferentes escalas temporales de forma autocorrelacionada y no aleatoria, influenciando a la CPUE por medio de un proceso causa-efecto. Los modelos de función de transferencia (MFT) fueron construidos para describir estadísticamente la relación causa-efecto entre dos series de tiempo y se proponen en este artículo como una herramienta valida para i) discriminar efectos ambientales que influencian la CPUE y ii) describir la forma en que estos efectos deben ser incluidos en un modelo lineal generalizado (MLG). Se analizó la CPUE de krill antartico para el período agosto 1989-julio 1999, y como posibles efectos causales el índice de Oscilación Antartico (IOA) y las Presiones Atmosféricas al Nivel del Mar (PANM). El MFT muestra que las PANM bajo un desfase anual (PANM12), influencian la CPUE de krill antartico; mientras que la IAO no tiene un efecto significativo. La utilización de la PANM12 en un MLG incrementó en 31% la explicación de la devianza respecto a la serie sin desfase. Se concluye que los MFT son herramientas promisorias para incluir efectos ambientales en la estandarización de la CPUE resultando en índices de abundancia menos sesgados y más precisos.