Se analizó de forma cualitativa y cuantitativa el ciclo gonadal del bivalvo Mytilus chilensis en las localidades de Chaihuín y bahía Yal, sur de Chile, entre octubre 2007 y junio 2008. Por medio de análisis histológico gonadal se determinaron cuatro estadios gametogénicos y a su vez se estimó en forma cuantitativa, el Volumen de la Fracción Gamética (VFG), el porcentaje de tejido interfolicular y el índice gonadal. El análisis cuantitativo (VFG) fue el mejor indicador para determinar los desoves. En los ejemplares de Chaihuín se observaron dos eventos de emisión gamética en forma simultánea en ambos sexos, que ocurrieron en octubre y marzo. Sin embargo, en los ejemplares de bahía Yal se registraron cuatro desoves, principalmente de marzo a junio (otoño), cuando la temperatura del agua disminuyó. Se determinó una escasa relación entre el Índice Gonadosomático (IG) y los estadios gametogénicos, al igual que entre el IG y el porcentaje de ovocitos maduros, por ende el IG no sería un indicador apropiado para los desoves en esta especie. Se sugiere la revisión del periodo de veda de Mytilus chilensis (1 noviembre a 31 diciembre), ya que la mayor parte de los individuos de las poblaciones estudiadas, maduran principalmente en octubre. En ambas localidades, el porcentaje de tejido conjuntivo de los especímenes estudiados fluctúo entre 15 y 70% de cobertura gonadal. Los resultados obtenidos mostraron diferencias en los ciclos reproductivos de Mytilus chilensis entre las localidades analizadas, las que se podrían atribuir a diferencias ambientales (e.g. temperatura) causadas por el gradiente latitudinal.