Se estudió por primera vez las variaciones estacionales de los foraminíferos planctónicos frente a las costas de Iquique (20°S, 70°W) y Concepción (36°S, 74°W), Chile. Las muestras fueron recolectadas mediante trampas de sedimentos ubicadas en dos profundidades: 1.000 y 2.300 m, entre septiembre y diciembre 2005, bajo condiciones normales (con surgencias permanentes y ausencia del evento El Niño) en la zona norte, y entre enero y octubre durante el evento El Niño 2006 en la zona sur (con surgencias estacionales). Se determinó un total de 23 especies, 22 de las cuales se recolectaron frente a Iquique y 16 frente a Concepción. Además, se determinó el flujo de carbonato de calcio de foraminíferos, flujo de individuos y diversidad para definir patrones faunísticos en dichas áreas, de diferentes condiciones oceanográficas. Los resultados mostraron que en Iquique, bajo condiciones normales, se produjo un constante flujo de individuos y carbonato, con máximos en septiembre y octubre 2005, confirmando la presencia de surgencia costera en este período. Por el contrario, en Concepción, bajo condiciones El Niño (2006), el flujo de individuos y carbonato de calcio presentó máximos durante la época estival evidenciando surgencias, que sin embargo, son de menor duración (enero-febrero) respecto a lo descrito en condiciones normales para esta área. La diversidad fue mayor a menor en profundidad en ambas zonas, permaneciendo constante durante todo el período en la zona norte, a diferencia de la zona sur, cuyos mayores valores se observaron durante la época estival coincidiendo con los afloramientos costeros en esta área.