La costa sureste del Océano Pacífico entre 37° y 41°S, se caracteriza por la presencia de un gran número de estuarios micromareales (rango mareal menor a 2 m). Uno de los estuarios más importantes dentro de estas latitudes es el estuario del río Valdivia, cuya estructura y dinámica termal y halina es poco conocida. Mediante mediciones hidrográficas de temperatura y salinidad tomadas durante un ciclo estacional anual y el análisis de sus principales forzantes (marea, caudal del río, vientos y radiación solar) se explica la variabilidad así como sus cambios en la estratificación vertical. El análisis de la estructura termohalina de la columna de agua reveló que el estuario varió estacionalmente comportándose como un estuario de cuña salina en invierno y primavera producto del mayor caudal de los ríos afluentes, mientras que en verano y otoño se comportó como parcialmente mezclado, producto del menor caudal de los ríos. En invierno y primavera la columna de agua presentó inversión térmica, la cual fue asociada a pérdida de calor superficial y a la advección sub-superficial de aguas cálidas desde el océano adyacente hacia el interior del estuario que no se mezclaron con las de la superficie debido a la intensa estratificación salina. El cambio en el régimen estuarino de cuña salina a parcialmente mezclado según la estación del año y presencia de la inversión térmica estacional, son características hidrográficas necesarias tanto para la implementación de esfuerzos de conservación de hábitat vulnerables presentes en la zona (áreas de crianza de juveniles de especies explotadas), como para la utilización de este sistema para actividades de acuicultura y manejo de recursos marinos.