El objetivo del presente estudio fue desarrollar un modelo trófico (ECOPATH con ECOSIM) para caracterizar la estructura y función de la trama alimentaria de Bahía Magdalena. El modelo consta de 24 grupos funcionales, siendo dominado por grupos de niveles tróficos secundarios y terciarios, que generan un tercio de los flujos de biomasa total. Los flujos totales del sistema y la eficiencia de transferencia promedio entre niveles tróficos, encajan bien en el rango reportado para otros ecosistemas costeros tropicales del mundo. Una fracción alta de los flujos totales se destina para el mantenimiento de la estructura de la red trófica. El índice de conectancia (IC) fue igual a 0,2, esto significa que sólo hay 20% de las conexiones totales posibles en la trama alimentaria. Una jerarquización de los diversos componentes del sistema en términos de su contribución a la función del sistema reveló que los productores primarios bentónicos y los detritos contribuyen 53% al total de la ascendencia. La idea de un control de la energía de arriba hacia abajo (a través de los principales depredadores) es consistente con otros hallazgos, dicho resultado sugiere que las especies de nivel trófico superior afectan negativamente a otros componentes del ecosistema. Se sugiere emplear el modelo en el corto plazo, para realizar aproximaciones exploratorias que pongan a prueba hipótesis relacionadas con los mecanismos bióticos y abióticos que ocasionen cambios en la estructura y función de la red trófica a través del tiempo, y por tanto contribuyan a entender como la estructura de la trama trófica puede contribuir a la resiliencia de las comunidades biológicas marinas.