Se determinó la estructura genética poblacional y sus implicancias dentro de la cadena trófica del copépodo Acartia lilljeborgii en la costa de Yucatán, mediante el uso de isoenzimas y su posterior determinación por electroforesis. Nueve sistemas se expresaron con un máximo de 30 loci. El polimorfismo y heterocigosis de las poblaciones estudiadas, al ser comparados con otras especies de copépodos, resultaron ser bajos y de los cuatro loci que presentaron variación, solo los loci EST2 y PGM1 se expresaron en todos los sitios de muestreo. La PGM1 presentó el mayor valor de heterocigosis (0,4728) y la GPI1 fue la de menor valor (0,3200). Ningún sistema se apartó de la condición de equilibrio de Hardy-Weinberg. Los valores de FST estuvieron entre los valores de -0,0798 para PGM1 y de 0,5899 para FBP1. Las tres poblaciones de A. lilljeborgii analizadas en la costa de Yucatán, presentaron una baja variabilidad y diferenciación genética entre las poblaciones, como lo indican los valores de distancia genética de 0,0585 que fue el mayor para las poblaciones de Chelem y de Río Lagartos, lo que sugiere que estas poblaciones están parcialmente aisladas. Sin embargo, debido a que A. lilljeborgii produce huevos diapáusicos o de reposo, que pueden ser transportados fuera o dentro de éstos cuerpos de agua, es probable que esta condición mantenga las frecuencias alélicas y genotípicas similares o muy cercanas entre sí. Los resultados mostraron la existencia de flujo genético, dado a través de una dispersión pasiva de los huevos diapáusicos que produce esta especie.