El delta del Patía ha experimentado grandes variaciones morfológicas en las últimas cuatro décadas debido a presiones antrópicas. El transvase del río Patía al río Sanquianga, debido a la construcción del canal Naranjo en 1973, y la posterior formación del brazo Patianga, han derivado en complejas problemáticas ambientales que se evidencian en la reactivación del lóbulo norte del delta y el abandono de la anterior desembocadura en el lóbulo sur. En este artículo se analizan las principales alteraciones que se presentan en el delta del Patía como producto del desvío del río y las consecuentes variaciones en el aporte fluvial y de sedimentos. Estas alteraciones se reflejan en: (1) cambios drásticos en la línea de costa, con tasas de erosión de hasta 70 m año-1; (2) dulcificación de los estuarios del lóbulo norte del delta, cambio hidrológico que ha ocasionando la migración de la zona alta estuarina (salinidad <1) 15 km aguas abajo; y (3) alteraciones en la cobertura vegetal del Parque Nacional Natural Sanquianga, con incrementos en la vegetación de agua dulce de hasta 42%, y disminución en la cobertura de manglar de hasta 31% en un período de 15 años. Las condiciones actuales del delta del Patía son ejemplo de la importancia de las actividades humanas como agentes de cambio dentro de la evolución de los sistemas deltaicos, y revelan la necesidad de profundizar el estudio de este delta para establecer estrategias adecuadas de manejo y conservación.